水性涂料和有機溶劑涂料在有些地方是相似的。但是在有些情況下，水性涂料經常要面對一些在有機溶劑涂料沒有的困難。這兩種體系的最大差別在于成膜過程中揮發物的連續相的逐漸消失機理的不同。而成膜過程又對涂料的最終性能有很大的影響因而在受到極大的關注。

  1、水性涂料中的水有很高的沸點因此揮發過程十分緩慢，強烈的依賴與環境的濕度。在低濕度情況下，它可能干燥的很快有時會引起裂縫。在高濕度情況下（如熱帶國家尼加拉瓜濕度經常達到78－85％），成膜過程將十分緩慢造成涂料的松垂。需要更多的能量使其干燥，甚至是溶劑型油漆的四倍因為水的比熱較大。

  2、水性涂料對施工過程中及材質表面清潔度要求高，因水的表面張力大，很不容易侵潤，易使涂膜產生縮孔。在油脂性表面這個問題尤其突出。

  3、水性涂料對抗強機械作用力的分散穩定性差，輸送管道內的流速急劇變化時，分散微粒被壓縮成固態微粒，使涂膜產生麻點。要求輸送管道形狀良好，管壁無缺陷。

  4、水性涂料對涂裝設備腐蝕性大，尤其是對鐵制設備的銹蝕。經常需采用防腐蝕襯里或不銹鋼材料，設備造價高。水性涂料對輸送管道的腐蝕，金屬溶解，使分散微粒析出，涂膜產生麻點，也需采用不銹鋼管。

  5、烘烤型水性涂料對施工環境條件（溫度、濕度）要求較嚴格，增加了調溫調濕設備的投入，同時也增大了能耗。

  6、水的蒸發潛熱大，烘烤能量消耗大。陰極電泳涂料需在180℃烘烤；而乳膠涂料完全干透的時間則很長。

  7、沸點高的有機助溶劑等在烘烤時產生很多油煙，凝結后滴于涂膜表面影響外觀。

  8、水性涂料形成的涂料層常常對水是敏感的，即使空氣中的水蒸汽含量的增加就會引起涂料的褶皺。

  水性涂料雖然存在諸多問題，但通過配方及涂裝工藝和設備等幾方面技術的不斷提高，有些問題在工藝上得到防止，有些通過配方本身得到改善和提高。